После событий Conviction проходит 6 месяцев. «Третий эшелон» был расформирован.

Террористы из Ближней Азии пригрозили США устроить серию терактов, если США не прекратит свою интервенцию в их страны. Террористы создали «черный список», в котором высказали угрозы, которые они обязательно приведут в исполнение, если не будут выполнены их требования. Президент США лично обращается к Сэму Фишеру за помощью. Сэм соглашается, но приводит свои требования и создается «Четвертый эшелон», во главе которого становится сам Сэм Фишер, а его помощником становится старая боевая подруга — Анна Гримсдоттир. Президент сообщает Сэму, что это самая страшная угроза в истории США и дает ему «Пятую свободу», свободу защищать первые четыре свободы.